PyMOL è un software molto interessante (pymol.org), che ha il seguente scopo: <<software libero di grafica 3D utilizzato per la rappresentazione di biomolecole in biochimica e bioinformatica>>
Il programma è disponibile anche per Linux. Lo possiamo scaricare dal sito ufficiale o anche da GitHub). Dal nome, "Py" indica linguaggio Python, volendo è quindi possibile mettere mano al codice per un uso più complesso.
Come primo approccio, ci accontentiamo di vedere in modalità sola visualizzazione composti chimici, molecole in 3D. Quello che ci interessa è dunque questo:
- cercare online, da varie banche dati, archivi (ad esempio rcsb.org, molinstincts.com, ecc) il composto che ci interessa (ad esempio: H2O = water = acqua) e scaricare il relativo file in formato .pdf o .sdf, file compatibili con l'applicazione
- avviato PyMOL: File, Open, apriamo il nostro file .pdb o .sdf (oppure lo trasciniamo nella finestra principale del programma). In questo modo abbiamo la visualizzazione 3D del composto chimico, possiamo zoomarlo, ruotarlo, ecc
Un esempio, il file .sdf (Spatial Data File) del benzene (formula C6H6), che troviamo da scaricare online, appare come segue:
CT1001419667
12 12 0 1 0 999 V2000
-0.0167 1.3781 0.0096 C 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0021 -0.0041 0.0020 C 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.1709 2.0855 0.0021 C 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.2084 -0.6789 -0.0132 C 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3960 0.0285 -0.0212 C 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3773 1.4107 -0.0131 C 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.9592 1.9054 0.0170 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.9258 -0.5567 0.0083 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.1563 3.1654 0.0077 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.2231 -1.7588 -0.0184 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.3385 -0.4987 -0.0324 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.3051 1.9634 -0.0197 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 02 0 1 0 0
1 3 01 0 1 0 0
1 7 1 0 0 0 0
2 4 01 0 1 0 0
2 8 1 0 0 0 0
3 6 02 0 1 0 0
3 9 1 0 0 0 0
4 5 02 0 1 0 0
4 10 1 0 0 0 0
5 6 01 0 1 0 0
5 11 1 0 0 0 0
6 12 1 0 0 0 0
M END
$$$$
Quindi almeno ad un livello base, è semplice e intuitivo. Molto utile a livello didattico e di ricerca, poter visualizzare in 3D i composti chimici. Vediamo ora delle immagini di esempio.
