Vladimir questo è vero, come in ogni ambiente, se aumenta la diffusione di un prodotto/servizio inevitabilmente si avrà anche un aumento delle potenziali minacce come questa.
La consapevolezza prima di tutto, considera che Linux (indipendentemente dalla distro o famiglia di distro, Debian, Arch, Red Hat) ha il vantaggio di fare uso delle repository ufficiali, che vanno assolutamente privilegiate! Per il resto, se si ha esigenza di scaricare file specifici (es. tramite .deb, .rpm o AppImage), sempre attenzione alla fonte.
Rispetto a Windows, ci si trova un ambiente mediamente più sicuro, anche per una questione di skill richieste (ad esempio chi procede con le installazioni da terminale, un po' di consapevolezza e conoscenza dovrebbe averla). Poi è ovvio che la totale sicurezza è solamente utopia e il nostro comportamento deve essere tale da minimizzare i rischi.